過氧化氫傳遞窗主要用于潔凈室與非潔凈室之間的物品傳遞。
在制藥行業，它可以對制藥工具、原材料和包裝材料等進行傳遞。由于制藥過程對環境潔凈度要求高，過氧化氫傳遞窗在傳遞過程中可以利用過氧化氫的強氧化性進行消毒滅菌。例如，在傳遞用于生產無菌藥品的容器時，傳遞窗通過噴霧或者汽化過氧化氫的方式，能有效殺滅容器表面可能攜帶的細菌、真菌和病毒等微生物，確保進入潔凈生產區的物品達到無菌要求，從而保障藥品的質量和安全性。

在醫療實驗機構，像生物實驗室、病理檢驗室等，它用于傳遞實驗樣本、精密儀器等。當實驗樣本從污染區向潔凈的檢測區傳遞時，過氧化氫傳遞窗能夠防止外部污染物進入潔凈區，同時對樣本本身進行消毒，避免交叉污染，為實驗結果的準確性提供保障。
在電子半導體生產車間，過氧化氫傳遞窗對傳遞的電子元件、精密模具等進行清潔和消毒。這些產品對微粒和微生物極為敏感，傳遞窗的消毒功能有助于維持車間的高潔凈度，提高電子產品的良品率。